Αλγόριθμοι Βϊοπληροφορικής

Το μάθημα έχει προαιρετική γραπτή εργασία που όταν γίνει θα μετρήσει 50% του βαθμού, αλλιώς ο βαθμός καθορίζεται 100% από την τελική γραπτή εξέτααη.

Διαμόρφωση Υλης

Η διαμόρφωση ύλης θα ενημερώνεται σταδιακά κατά την διάρκεια παράδοσης των μαθημάτων.

Από το βιβλίο

Deep Learning for Genomics, Upendra Kumar Devisetty, Packt Editions, 2022

1. Introducing Machine Learning for Genomics, 3-7

2 Genomics Data Analysis, 9-30

3 Machine Learning Methods for Genomic Applications, 31-52

4 Deep Learning for Genomic Applications, 55-80

4 Introducing Convolutional Neural Networks for Genomics, 81-93

Από το βιβλίο Bioinformatics: An active learning approach, Pavel A. Pevzner, Addison Wesley, 2015, Vol 2

Κεφάλαιο 9 - How did yeast become a wine maker - Σελ. 69-118

Από το βιβλίο "Deep Learning" του C. Bishop,

Κεφ. 12 - Transformers - Σελ. 357-374 (μέχρι και χωρίς 12.2 Natural Language)

Βιβλιογραφία

Όλα τα παρακάτω βιβλία αυτά μπορούν να γίνουν download από το site:

https://sourceforge.net/projects/booksforihucs/files/

H ύλη θα βασιστεί πολύ στο βιβλίο:

Deep Learning for Genomics, Upendra Kumar Devisetty, Packt Editions, 2022

Είναι πρακτικό βιβλίο και σχετικά απλό, δεν υπάρχει σε Ελληνική μετάφραση επομένως πρέπει να μελετηθεί η Αγγλική έκδοση.

Άλλα βιβλία:

1. Introduction to Bioinformatics, Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner, Addison Wesley, 2003

Υπάρχει μεταφρασμένο στον Εύδοξο.

2. Bioinformatics: An active learning approach, Pavel A. Pevzner, Addison Wesley, 2015, Vol. 1 and 2

Η 2η έκδοση του Pevzner, πολύ ενημερωμένη και βελτιωμένη σε σύγκριση με την 1η, είναι διαθέσιμη για download.

Πολύ αλγοριθμικά βιβλία, συνίσταται και για θεωρητική εργασία και για ανάπτυξη λογισμικού.

3. Arthur M. Lesk, Introduction to Bioinformatics, Fifth Edition, Oxford, 2019

Καλό βιβλίο αλλά περισσότερο προσανατολισμένο σε Βιολόγους. Υπάρχει μεταφρασμένο στον Εύδοξο.

4. Bioinformatics and Functional Genomics, third edition, Jonathan Pevzner, WILEY Blackwell, 2015

Επίσης, καλό βιβλίο αλλά περισσότερο προσανατολισμένο σε Βιολόγους. Υπάρχει μεταφρασμένο στον Εύδοξο.

5. Paul A. Gagniuc, PhD, Algorithms in Bioinformatics, WILEY, 2021

6. Hannes Hauswedell, Sequence Analysis and Modern C++, Springer 2022